Dia juga merupakan perempuan pertama yang masuk ke sekolah kedokteran itu.
Tak hanya itu, dia merupakan satu-satunya murid perempuan di antara 180 murid laki-laki.
Masuknya Marie ke STOVIA tidak lepas dari peran Aletta Jacob (dokter perempuan pertama di Belanda). Ketika sedang melakukan tur keliling dunia, Aletta Jacobs mengunjungi Hindi Belanda di Batavia pada 18 April 1912.
Aletta Jacob mendesak Gubernur Jenderal A.W.F. Idenburg agar perempuan bumiputra diizinkan mendaftar dan memperoleh pendidikan kedokteran di STOVIA. Desakan tersebut akhirnya membuahkan hasil.
Kemudian Marie Thomas masuk ke STOVIA setelah mendapat dukungan beasiswa dari Studiefonds voor Opleiding van Vrouwelijke Inlandsche Artsen (SOVIA).