Sedangkan Sekretaris PW NU Jawa Timur, Prof Akhmad Muzakki mengatakan, NU dikenal memiliki jumlah pesantren terbanyak dibanding ormas Islam lainnya. Menurut data Rabithah Ma'ahid Islamiyah (RMI) atau Asosiasi Pondok Pesantren di bawah naungan NU di Jawa Timur, terdapat lebih dari 6 ribu pondok pesantren yang dikelola dari generasi ke generasi.
Sejumlah pesantren yang berdiri lebih dari satu abad, menjadi rujukan berdirinya pesantren-pesantren di kemudian hari. Seperti Ponpes Salafiyah Syafiiyah Sukorejo Asembagus Situbondo, Ponpes Langitan Tuban, Ponpes Sidogiri Pasuruaun, Ponpes Denanyar Jombang, Ponpes Tambakberas dan Tebuireng Jombang.
Baca Juga: Prof Azyumardi Wafat, Menag: Indonesia Kehilangan Intelektual Islam Kaliber Dunia
Dikatakan olehnya Ponpes merupakan institusi pendidikan yang telah mengakar di masyarakat dan mempunyai sejarah panjang, jauh sebelum Indonesia merdeka. Akar tradisi pesantren tak bisa dilepaskan dari semangat dakwah dan perjuangan bangsa, untuk mewujudkan masyarakat yang baik (khairu ummah) di tengah-tengah masa yang terus berubah.
Memang, lanjutnya wujud pembelajaran di pondok pesantren saat ini telah mengalami banyak perubahan. Bila di masa lalu hanya mengajarkan mengenai kitab kuning, sekarang juga mengadopsi kurikulum madrasah.