Pada 2006, Hamas berpartisipasi dalam pemilihan legislatif Palestina, dengan Haniyeh memimpin daftar tersebut. Kelompok tersebut memenangkan mayoritas kursi di parlemen, dan Haniyeh menjadi perdana menteri Otoritas Palestina (PA). Masyarakat internasional bereaksi terhadap kepemimpinan Hamas dengan membekukan bantuan kepada PA, yang menyebabkan tekanan finansial yang signifikan pada badan pemerintahan tersebut.
Pada bulan Juni 2007, setelah berbulan-bulan terjadi ketegangan yang mencakup konflik bersenjata antara faksi-faksi tersebut, Presiden Mahmoud Abbas dari Partai Fatah memecat Haniyeh dan membubarkan pemerintahannya. Hasil dari kebuntuan ini adalah terbentuknya pemerintahan otonomi yang dipimpin Hamas di Jalur Gaza, yang dipimpin oleh Haniyeh. Segera setelah itu, Israel menerapkan serangkaian sanksi dan pembatasan di Jalur Gaza, yang diikuti oleh Mesir.
Baca Juga: Sembilan Negara Paling Dibenci dan Bikin Jengkel Dunia
Setelah serangkaian roket diluncurkan dari Jalur Gaza ke Israel pada bulan Januari 2008, Israel mengintensifkan blokadenya. Meskipun demikian, Hamas tetap menguasai Jalur Gaza, dan kekuasaannya mengalami pasang surut antara keberhasilan dan kemunduran politik sesekali. Hamas dan IRGC menyebut Ismail Haniyeh tewas di Iran karena serangan Israel.
Seorang analis yang dekat dengan Hamas, Ibrahim Madhoun mengatakan kematian Ismail Haniyeh menjadi pukulan telak bagi Hamas. Namun, Madhoun mengatakan hal itu tidak akan mengubah pendirian Hamas untuk memerangi Israel.