Hal ini menimbulkan dugaan bahwa Soeharto mungkin terlibat dalam konspirasi yang lebih besar, memanfaatkan G30S sebagai sarana untuk mengamankan posisinya di militer dan politik.
Teori ini semakin diperkuat oleh pandangan sejarawan seperti Wertheim, yang mengemukakan bahwa Soeharto mungkin menggunakan G30S sebagai alat untuk menghancurkan Partai Komunis Indonesia (PKI) dan para pemimpin TNI AD yang dianggap tidak mampu mengatasi tantangan PKI.
Dalam teori ini, Sjam Kamaruzaman, tokoh penting dalam G30S, diyakini bukan anggota PKI sejati, melainkan agen yang disusupkan oleh Soeharto untuk memperkuat rencana kudetanya.
Dengan satu gerakan, Soeharto berhasil menghancurkan pimpinan TNI AD yang tidak memuaskannya sekaligus mengeliminasi PKI sebagai musuh utama TNI. Setelah peristiwa G30S, Soeharto bergerak cepat untuk mengambil alih kekuasaan dan mengakhiri era kepemimpinan Presiden Soekarno.
Langkah ini diikuti oleh tindakan militer yang brutal terhadap simpatisan PKI, menewaskan ribuan orang yang diduga terlibat dalam peristiwa tersebut.