Selama proses penyidikan, Gayus bersama keluarga melarikan diri ke Singapura. Ia lantas dijemput oleh Satuan Tugas Mafia Hukum yang dibentuk oleh mantan presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY).
Gayus dinyatakan terbukti bersalah menerima suap senilai Rp925 juta dari Roberto Santonius, konsultan PT Metropolitan Retailmart terkait kepengurusan keberatan pajak perusahaan tersebut.
Ia juga dinilai lalai menangani keberatan pajak PT Surya Alam Tunggal (SAT) yang berakibat pada kerugian negara sebesar Rp570 juta. Gayus juga terlibat dalam kasus penggelapan pajak PT Megah Citra Raya.
Kemudian, Gayus terbukti bersalah menerima gratifikasi saat menjabat petugas penelaah keberatan pajak di Ditjen pajak. Gayus terbukti menerima gratifikasi sebesar US$659.800 dan Sin$9,6 juta.
Gayus juga dijerat dengan UU Tindak Pidana Pencucian Uang. Selama persidangan, Gayus gagal membuktikan kekayaannya berupa uang Rp925 juta, US$3,5 juta, US$659.800, Sin$9,6 juta dan 31 keping logam mulai masing-masing 100 gram bukan berasal dari hasil tindak pidana.