Selain itu, struktur organisasi BPN juga mencakup Inspektorat Utama, Sekretaris Utama, serta beberapa deputi yang akan menangani bidang-bidang strategis.
Adapun daftar deputi yang dirancang untuk BPN sebagai berikut:
1. Deputi Perencanaan dan Peraturan Penerimaan
2. Deputi Pengawasan dan Penerimaan Pajak
3. Deputi Pengawasan dan Penerimaan PNBP
