Selain itu, struktur organisasi BPN juga mencakup Inspektorat Utama, Sekretaris Utama, serta beberapa deputi yang akan menangani bidang-bidang strategis.

Adapun daftar deputi yang dirancang untuk BPN sebagai berikut:

1. Deputi Perencanaan dan Peraturan Penerimaan

2. Deputi Pengawasan dan Penerimaan Pajak

3. Deputi Pengawasan dan Penerimaan PNBP