Sementara itu, Wakil Kepala Madrasah Bidang Kesiswaan, Zulrahmat, menambahkan bahwa kesuksesan MAN 1 Kendari tak lepas dari program pembinaan siswa yang dilakukan sepanjang tahun, baik akademik maupun nonakademik.
Sekolah memiliki kerja sama (MoU) dengan UHO dan IAIN Kendari dalam pembinaan olimpiade dan lomba riset, termasuk pelaksanaan Kompetisi Sains Nasional (KSN) dan Kompetisi Sains Madrasah (KSM).
Biaya pembinaan diambil dari dana BOS, sedangkan kegiatan yang sifatnya undangan luar atau nasional akan didukung oleh disposisi kepala madrasah bila memungkinkan secara finansial.
Selain itu, peran orang tua siswa juga sangat menunjang. Fasilitas seperti gedung dua lantai, GOR standar nasional, hingga kelas digital dibangun atas sumbangan murni dari orang tua siswa, tanpa dana dari negara.