Ibu Kota Papua Pegunungan berada di Kabupaten Jayawijaya. Provinsi ini memiliki batas daerah, yakni sebelah utara berbatasan dengan Kabupaten Mamberamo Raya, Kabupaten Sarmi, Kabupaten Jayapura, dan Kabupaten Keerom.
Sebelah timur berbatasan dengan negara Papua Nugini, sebelah selatan berbatasan dengan Kabupaten Boven Digoel dan Kabupaten Asmat. Serta, sebelah barat berbatasan dengan Kabupaten Puncak Jaya, Kabupaten Puncak, dan Kabupaten Mimika.
Pj. Gubernur Papua Pegunungan Nikolaus Kondomo, merupakan staf ahli bidang hubungan antar lembaga dan kerja sama internasional Kejaksaan Agung.
5. Masih pro kontra di kalangan masyarakat
Mengutip Kompas.com, dalam membuat RUU pembentukan 3 provinsi baru ini, DPR RI tidak melibatkan Majelis Rakyat Papua (MRP) serta lembaga negara sebagai representasi kultural Orang Asli Papua (OAP).