Anies Baswedan lahir dari pasangan Rasyid Baswedan dan Aliyah Rasyid pada 7 Mei 1969 di Kuningan, Jawa Barat. Anies adalah cucu dari pejuang kemerdekaan, Abdurrahman Baswedan. Anies mempunyai adik bernama Ridwan Baswedan dan Abdillah Baswedan.
Besar di Yogyakarta, dia masuk SD Laboratori, Yogyakarta saat usia 6 tahun. Tamat SD, Anies lanjut ke SMP Negeri 5 Yogyakarta. Kemudian dia lanjut di SMA Negeri 2 Yogyakarta. Di sini, dia menjadi Wakil Ketua OSIS dan pernah ikut pelatihan kepemimpinan bersama 300 orang Ketua OSIS se-Indonesia.
Tak lama setelah itu, dia terpilih sebagai Ketua OSIS se-Indonesia pada tahun 1985. Lalu, dia terpilih untuk ikut dalam program pertukaran pelajar AFS tahun 1987. Setahun tinggal di Milwaukee, Wisconsin, Amerika Serikat, membuat Anies lambat setahun menyelesaikan masa SMA, yakni lulus tahun 1989.
Kembali ke Yogyakarta, Anies menekuni bidang jurnalistik dan bergabung di Televisi Republik Indonesia (TVRI) cabang Yogyakarta dalam program Tanah Merdeka. Dia berperan sebagai pewawancara tetap tokoh-tokoh nasional.
Lulus SMA, Anies mendaftar di Universitas Gajah Mada (UGM). Dia diterima di Fakultas Ekonomi pada 1989-1995. Saat kuliah di UGM, Anies bergabung dengan Himpunan Mahasiswa Islam Indonesia (HMI). Dia merupakan salah satu anggota Majelis Penyelamat Organisasi HMI UGM.