Di Fakultas Ekonomi Anies berhasil menempati posisi Ketua Senat Mahasiswa. Di sini dia ikut terlibat menghidupkan kembali Senat Mahasiswa UGM setelah sebelumnya dibekukan oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan (Kemendikbud).
Belum cukup di situ, dia terpilih sebagai Ketua Senat Universitas pada kongres tahun 1992. Dia melahirkan gebrakan-gebrakan dalam lembaga kemahasiswaan di UGM. Membentuk Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) sebagai lembaga eksekutif dan menempatkan senat menjadi lembaga legislatif lalu disahkan kongres tahun 1993. Semua itu berkat sentuhan tangan dingin Anies.
Saat masih duduk di bangku kuliah, Anies mendapat beasiswa dari JAL Foundation pada tahun 1993 untuk ikut kuliah pada musim panas di Sophia University, Tokyo dalam bidang kajian Asia. Dia mendapatkan beasiswa tersebut karena memenangkan lomba menulis bertema tentang lingkungan.
Anies meraih gelar Sarjana Ekonomi (Bachelor of Science equivalent) dari Fakultas Ekonomi UGM, Yogyakarta, Indonesia, tahun 1995. Setelah itu, dia terbang ke Universitas Maryland, College Park, Amerika Serikat (AS) untuk melanjutkan S2-nya.
Perjalanan Karier Anies