Pada 11 Mei 1996, dia menikahi Fery Farhati Ganis. Anies dan Fery memiliki empat orang anak yaitu Mutiara Annisa Baswedan, Mikail Azizi Baswedan, Kaisar Hakam Baswedan, dan Ismail Hakim Baswedan.
Meskipun sudah menikah, Anies tetap melanjutkan pendidikan S2. Dia meraih gelar Master of Public Management, Sekolah Urusan Publik dari Universitas Maryland pada tahun 1998. Kemudian juga lanjut pendidikan di Northern Illinois University, AS.
Tahun 2004, dia mendapat gelar Doctor of Philosophy, Departemen Ilmu Politik dari Universitas tersebut. Pada 2000 sampai 2004, dia berkarier sebagai Research Assistant di Kantor Penelitian, Evaluasi, dan Studi Kebijakan, Northern Illinois University. Pekerjaan itu dia jalani saat mengejar gelar S3.
Usai lulua S3, Anies berkiprah dalam banyak hal. Pada 2004-2005, Anies bekerja pada Research Manager, IPC Inc., Bannockburn, Illinois, USA. Lalu pada 2005 sampai 2007 berkarier sebagai Senior Researcher, Lembaga Survei Indonesia. Bahkan, tahun 2006-2007 atau selama setahun, dia berkarier di National Advisor for Decentralization and Regional Autonomy, Kemitraan bagi Pembaruan Tata Pemerintahan.
Selanjutnya pada 2005 hingga 2009, Anies berkarier di Research Director, Institut Indonesia, Pusat Analisis Kebijakan Publik. Sebelumnya, pada 2007, Anies menjadi rektor dan presiden di Universitas Paramadina Presiden.