Mahfud merasa ilmu Bahasa Arab yang ia peroleh di fakultas itu tidak lebih dari apa yang sebelumnya didapatkannya dari pesantren.

Usai menamatkan Pendidikan S1, Mahfud melanjutkan pendidikannya ke tingkat magister dengan mengambil jurusan Ilmu Politik.

Seakan tidak pernah puas dengan pendidikan, setelah meraih gelar S2, Mahfud melanjutkan Pendidikan di Program Pascasarjana UGM dengan jurusan Ilmu Hukum dan tata Negara. Gelar Doktor pun ia raih pada 1993.  

Melansir Suara.com jaringan Telisik.id, karier Mahfud MD dimulai ketika ia menjadi Guru Besar Fakultas Hukum Universitas Islam Indonesia (UII) Yogyakarta.

Selain di bidang akademik, Mahfud juga berkiprah di pemerintahan dan birokrasi, ketika ia menjadi Staf Ahli Menteri Negara Urusan HAM (Eselon I B) pada 1999-2000.