Kehidupannya membaik selama tinggal di Selangor, Malaysia. Ia menjual ayam saat pagi dan menjual peci serta buku agama saat malam.

Hambali juga sempat bekerja di sebuah warung roti canai. Selama tinggal di sana, ia berkenalan dengan Abdullah Sungkar, pendiri Jamaah Islamiyah (JI).

Jamaah Islamiyah terafiliasi dengan Al-Qaeda. Berkat ajakan Sungkar, Hambali menjadi satu dari 20 orang kelompok yang berangkat ke Afghanistan pada 1986.

Hambali ikut berperang hingga 1988. Namun, dengan waktu dua tahun itu Hambali telah mendapat pelajaran dan pengalaman dasar militer, seperti strategi komunikasi, penyediaan logistik, intelijen dan hal-hal teknis di medan tempur.

Setelah kembali ke Malaysia, Hambali juga membangun jaringan dengan alumni Afghanistan di Filipina Selatan.