Baca juga: Tak Singgung Joe Biden di Pidato Perpisahan, Donald Trump: Pertempuran yang Sulit
Pada 1998 Hambali menjadi pimpinan JI setelah Sungkar meninggal karena penyakit hati. Hambali di bawah JI terpengaruh seruan Osama bin Laden bernama Fatwa 98.
Fatwa ini menghalalkan pembunuhan Amerika Serikat dan sekutunya.
JI melakukan pengeboman pada malam Natal 2000 di sejumlah gereja di Indonesia. Pengeboman klub malam di Bali 2002 serta bom Hotel J.W. Marriott di Jakarta pada 2003 juga didalangi oleh Hambali dan anggota JI.
Bom Bali menewaskan 202 orang, mayoritas turis asing. Sementara, bom di hotel JW Marriott Jakarta menewaskan 12 orang.