Sebelum itu, Hambali memantau aksi terorisme itu dari Bangkok, Thailand. Ia sadar bahwa hari akhirnya sebagai pelarian sudah dekat.
Untuk menghindari kejaran polisi, ia sempat mencoba kabur ke Laos, Kamboja, dan Vietnam. Namun, opsi untuk tetap di Thailand dirasanya lebih aman.
Meski begitu, ia sudah merasa akan ditangkap polisi Thailand. Penyebabnya bukan aksi bom di Jakarta, melainkan kabar penangkapan Aziz Hajincheming, Ismael Smann, dan sel-sel JI lain di Kamboja pada Mei 2003.
Di sisi lain, petinggi Al Qaeda yang sering memberinya uang saku, Khalid Sheikh Mohammed dan Ammar al-Baluchi, ditangkap CIA di Pakistan.
Hasil interogasi mengungkap adanya transaksi uang yang cukup besar ke Bangkok. Dari sinilah CIA dan intelijen Thailand mulai bergerak.