Kepengurusan dalam koperasi ini tidak bisa diisi secara sembarangan. Hanya individu dengan integritas, kapabilitas, dan pemahaman terhadap prinsip koperasi yang bisa mengemban amanah tersebut.
Selain harus memiliki jiwa wirausaha dan kemampuan organisasi, para pengurus juga wajib menjaga independensi. Karena itu, terdapat larangan tegas terhadap keterlibatan keluarga dalam pengurus dan pengawas dalam hubungan derajat pertama.
Aparat desa juga dilarang merangkap jabatan dalam koperasi untuk menghindari konflik kepentingan. Kebijakan ini diatur untuk menjaga profesionalisme dan netralitas dalam pengelolaan koperasi desa.
Struktur pengurus ditetapkan dalam jumlah ganjil dengan minimal lima orang. Komposisi jabatan meliputi ketua, dua wakil ketua yang membidangi usaha dan keanggotaan, sekretaris, serta bendahara.
Aspek keterwakilan perempuan dalam pengurus juga diatur sebagai bagian dari prinsip inklusivitas. Hal ini untuk menjamin keberagaman perspektif dalam pengambilan keputusan di koperasi.