Kelemahan institusi PKS sebenarnya sudah mulai dapat dibaca sejak Pemilu 2004 lalu. Saat itu Hilmi Aminuddin sebagai Ketua Majelis Syuro PKS memegang kendali penuh terhadap kader-kadernya yang terpilih sebagai pejabat publik, sehingga pengelolaan partai menjadi bersifat tertutup, sedangkan Anis Matta menghendaki PKS menjadi partai terbuka dengan model demokrasi, (tirto.id, 18 Juli 2018).
Perkembangannya, PKS kian tak menentu arah, ketika pada 2009 lalu, PKS menyatakan dirinya sebagai partai terbuka, tidak lagi murni sebagai partai berbasis agama.
Perbedaan pendapat dalam pengelolaan partai antar dua faksi yang menyebabkan PKS mengalami perpecahan dan menghadirkan partai baru Partai Gelora Indonesia.
Pertanyaan selanjutnya adalah seperti apa permasalahan kiprah politik PKS di level nasional?
Pasca Pilpres 2019, mitra koalisi PKS di Pilpres 2019 yakni Partai Gerindra memilih untuk mengakhiri berkoalisi bersama PKS dengan memilih berada di dalam pemerintahan.