Pada Agustus 2014, ia menjadi asisten pelatih tim nasional Korea Selatan. Di bawah Shin Tae-yong, Korea Selatan mencapai final Piala Asia untuk pertama kalinya dalam 27 tahun.
Meski saat itu Manajer Korea Selatan adalah Uli Stielike, tetapi peran kepelatihan sebenarnya dilakukan oleh Shin Tae-yong, dimana ia yang bertanggung jawab atas taktik dan pelatihan tim.
Pada saat yang sama, meski Shin Tae-yong mengelola tim U-23 Korea Selatan, tetapi dia juga berpartisipasi dalam Olimpiade Musim Panas 2016 hingga berhasil masuk hanya sampai perempat final.
Pada 22 November 2016, Shin Tae-yong ditunjuk sebagai manajer tim U-20 Korea Selatan untuk mempersiapkan Piala Dunia U-20 FIFA 2017 di kandang sendiri. Karena itu, ia meninggalkan tim senior untuk berkonsentrasi pada tim U-20.
Di Piala Dunia, Korea Selatan menempati posisi kedua di grup mereka dengan 6 poin dan maju ke babak sistem gugur, tetapi mereka kalah dari Portugal di babak 16 besar.