Setelah Shin meninggalkan tim senior Korea Selatan, Stielike memperoleh hasil buruk di kualifikasi Piala Dunia FIFA 2018 dan akhirnya dipecat oleh Asosiasi Sepak Bola Korea. Pada 4 Juli 2017, Shin menjadi manajer tim senior menggantikan Stielike.
Pada bulan Desember, ia memenangkan Kejuaraan Sepak Bola EAFF E-1 2017, mengalahkan saingan beratnya Jepang di babak final dengan skor telak 4-1. Kemenangan itu pun mengantarkan Korea Selatan di bawah asuhan Shin Tae-yong juga lolos ke Piala Dunia FIFA 2018 di Rusia, meski belum berhasil melangkah lebih jauh di babak selanjutnya.
Karir Pelatih Timnas Indonesia
Pada 28 Desember 2019, Shin Tae-yong pun mendapatkan konfirmasi dari PSSI untuk bergabung menjadi pelatih Timnas Indonesia, menggantikan Simon McMenemy. Dia diberikan kontrak 4 tahun.
Setelah awal yang buruk pada masa jabatannya di babak kedua kualifikasi Piala Dunia 2022, ia memimpin Indonesia dengan usia skuad rata-rata 23,8 tahun ke final Kejuaraan AFF 2020.