Jepang berhasil memperlebar jarak pada babak kedua menit ke-49. Hidemasa Morita memanfaatkan kesalahan Maarten Paes dan mencetak gol ketiga.
Menit ke-53, Indonesia nyaris menipiskan kedudukan. Tendangan bebas melengkung Thom Haye mengarah ke gawang Jepang, namun berhasil dihalau oleh pertahanan mereka.
Calvin Verdonk hampir menjebol gawang Jepang pada menit ke-55. Sepakan kerasnya dari dalam kotak penalti masih melebar tipis di sisi kiri gawang.
Indonesia terus memberikan tekanan pada menit ke-57. Jay Idzes yang mendapatkan bola di luar kotak penalti langsung melepaskan tembakan keras ke arah gawang Jepang. Namun, pertahanan Jepang yang terorganisir dengan baik berhasil memblok bola sebelum masuk ke gawang.
Peluang emas didapat Jepang pada menit ke-59. Namun, tembakan indah Kaoru Mitoma masih melambung di atas mistar.