Tiga tahun berikutnya, 2008, ia diamanahkan posisi Kasubbid Pemerintahan, Parsenibud dan Agama Bappeda Sultra. Namun setahun kemudian, ia menjabat sebagai Kasubbid Pemerintahan, Pendidikan dan Kependudukan Bappeda Sultra.
Di tahun 2012, Johannes Robert menjadi Kabid Sosbud Bappeda Sultra. Tidak lama setelah itu, Johannes Robert diberi amanah lagi sebagai Sekretaris Bappeda Sultra, pada 2013. Kemudian kembali diamanahkan di posisi yang sama pada tahun 2017.
Baca Juga: Sosok Azyumardi Azra, Ketua Dewan Pers Peraih Gelar 'Sir' Pertama dari Kerajaan Inggris
Atas kinerja yang baik selama menjalankan tugasnya di berbagai jabatan, maka Johannes Robert pun meraih prestasi Satyalancana Karya Satya X Tahun oleh Presiden RI pada tahun 2011.
Tidak hanya itu, ia pun sudah beberapa kali mendapatkan kepercayaan untuk menjalankan tugas tertentu ke luar negeri, baik penugasan yang diberikan oleh pemerintah provinsi maupun pemerintah pusat.