Karena menonjol, Ahok tak meneruskan jabatannya di DPR dan diminta mendampingi Jokowi sebagai calon Wakil Gubernur DKI Jakarta pada Pilkada 2021. Ia bersedia mendampingi Jokowi dan maju lewat Partai Gerindra.
Pasangan Jokowi-Ahok menang dan memimpin Jakarta lewat berbagai gebrakan. Ahok lalu naik menjadi Gubernur DKI saat Jokowi maju dalam Pilpres 2014.
Gaya kepemimpinan Ahok yang lugas dan berani membuat namanya melambung. Ia kemudian maju kembali di Pilgub DKI sebagai Cagub, berpasangan dengan Djarot Saiful Hidayat yang menjadi wakilnya sejak ia naik sebagai Gubernur DKI.
Namun jelang Pilgub DKI 2017, Ahok tersandung kasus penistaan agama berdasarkan pidatonya saat kunjungan kerja di Kepulauan Seribu. Bahkan akibat kasus Ahok ini, gelombang unjuk rasa ramai di berbagai penjuru negeri.
Akhirnya Ahok divonis bersalah dan dipenjara. Ia pun mengundurkan diri, dan digantikan oleh Djarot di akhir masa jabatan Gubernur DKI.