Tapi perjalanan di Surabaya bukan tanpa rintangan. Hidup sendiri di kota besar membuatnya harus terbiasa menghadapi kerasnya lingkungan.

“Di sana saya benar-benar sendiri. Lingkungannya keras, banyak preman, dan itu menuntut saya untuk lebih mawas diri. Tapi dari situ mental saya terbentuk,” kenangnya.

Sebelum menjadi ASN, Junaiddin sempat bekerja sebagai konsultan teknik di proyek pemberdayaan masyarakat di Kabupaten Buton, hingga berkarier sebagai desain engineer di bidang telekomunikasi di Surabaya.

Ia juga pernah menjadi dosen di Universitas Halu Oleo, Universitas Lakidende, dan Universitas Muhammadiyah Kendari.

Kariernya di pemerintahan dimulai tahun 2002 di Balai Penataran Guru (BPG) Kendari, cikal bakal BPMP Sultra. Ia meniti tangga jabatan dari staf teknis hingga pejabat struktural.