Adapun susunan panitia Kongres Pemuda II, seperti yang dituliskan Ahmad Syafii Maarif melalui buku Islam dalam Bingkai Keindonesiaan dan Kemanusiaan (2009) adalah sebagai berikut:
Ketua: Sugondo Djojopuspito (PPPI)
Wakil Ketua: R.M. Joko Marsaid (Jong Java)
Sekretaris: Muhammad Yamin (Jong Sumatranen Bond)
Bendahara: Amir Sjarifudin (Jong Bataks Bond)