Di tanah tersebut dikuburkan 10 orang pejuang yang meninggal saat Serangan Umum 11 Maret 1949. Dan Sultan HB IX ingin masjid itu juga menjadi monumen bagi para pejuang tersebut.
Baca juga: Syaiful Adnan, Tokoh Pembaharu Seni Lukis Kaligrafi
Arsitektur bangunan masjid ini sarat dengan makna. Jika para jemaah duduk di ruangan masjid akan melihat 4 batang soko bentung dan 1 batang soko guru sehingga semuanya berjumlah 5 buah.
Hal ini merupakan lambang negara Pancasila. Soko guru merupakan lambang sila yang pertama, yakni Ketuhanan Yang Maha Esa.
Usuk sorot (memusat seperti jari-jari payung) disebut juga peniung, merupakan lambang kewibawaan negara yang melindungi rakyatnya.