Soko guru yang digunakan adalah kayu jati berukuran 50 cm x 50 cm yang didatangkan dari daerah Cepu, Jawa Tengah.
Saat ditebang, umur kayu jati tersebut telah mencapai 150 tahun. Sedangkan umpak (batu penyangga tiang) berasal dari petilasan Sultan Agung Hanyokrokusuma yang dahulu berkedudukan di Pleret, Bantul.
Di masjid ini juga terdapat beragam ukir-ukiran. Selain dimaksudkan untuk menambah keindahan dan kewibawaaan, ukiran ini juga mengandung makna dan maksud tertentu.
Ukiran praba berarti bumi, tanah, kewibawaan. Ukiran saton berarti menyendiri, sawiji. Ukiran sorot berarti sinar cahaya matahari. Tlacapan berarti panggah, yaitu tabah dan tangguh.
Ceplok-ceplok berarti pemberantas angkara murka. Ukiran mirong berarti maejan atau nisan, berarti bahwa semuanya kelak pasti dipanggil oleh Allah SWT.