Menggagas Kelahiran Ma’had Aly Seiring dengan visi dan misi RMI yang ingin mengembangkan pendidikan pesantren, Kiai Wahid juga menggagas berdirinya Ma’had Aly sebagai lembaga setingkat perguruan tinggi (PT) di pesantren. Mulanya, ide ini pernah disampaikan pada Kiai As’ad Syamsul Arifin, yang selanjutnya langsung diterima.
Salah satu tujuan dibukanya Ma’had Aly adalah, agar pesantren mengkaji teori-teori ilmiah selain kitab kuning, sehingga nantinya pesantren bisa menjadi basis kaderisasi pemikir muda Islam. Adapun pesantren yang telah mendirikan Ma’had Aly adalah Pesantren Salafiyah Syafi’iyah Sukorejo Situbondo (konsentrasi pada Fiqh), Pesantren Krapyak Yogyakarta (konsentrasi pada Ushul Fiqh), dan Pesantren Nurul Jadid Paiton Probolinggo (konsentrasi pada Dirosah Islamiyah).
Pandangan terhadap Masail Diniyyah dan Pondok Pesantren Sebagai ulama intelektual, demikian mantan Mendiknas Malik Fajar menyebut Kiai Wahid, acapkali beliau menjadi tempat konsultasi oleh orang-orang yang tengah menghadapi pelbagai persoalan. Adapun Kiai Wahid sendiri selalu menerimanya dan dengan senang hati memberikan solusi.
Berkat kemampuan beliau ini, tidak mengherankan jika kemudian beliau mampu menjadi mediator konflik pemikiran antara pengurus NU yang sepuh-sepuh dengan kalangan anak muda NU. Lebih-lebih, beliau mampu mempersatukan gagasan kedua belah pihak. Sebagai figur Kiai yang memiliki pola pemikiran yang kritis dan moderat, acapkali beliau melakukan terobosan-terobosan baru.
Misalkan dalam bidang bahstul masail, Kiai Wahid pernah melakukan pembaharuan tentang sistem dan metode pengambilan hukum terhadap persoalan yang ada di tengah masyarakat. Menurut beliau, langkah-langkah dalam bahstul masail perlu ada perkembangan.