Meski kesibukan KH. Abdul Wahid Zaini di luar pesantren sangat padat, tapi beliau tetap bisa mengurus pesantren dengan baik. Pada masa beliau, Pondok Pesantren Nurul Jadid mengalami perkembangan yang sangat pesat, baik mengenai jumlah santri maupun pelayanan dan pengembangan kemasyarakatan.
Sebagai Pemimpin Pesantren, selain dibantu adik-adiknya, beliau juga dibantu oleh KH. Hasan Abd. Wafi yang kala itu dipercaya sebagai Dewan Pengawas Pesantren, dan KH. Fadlurrahman serta KH. Faqih Zawawi sebagai Dewan Pertimbangan Pesantren. Selama menjadi Pengasuh Pesantren Nurul Jadid, Kiai Wahid tidak hanya mengarahkan para santrinya agar mampu memahami ilmu-ilmu agama dan tekhnologi, tapi beliau juga mendorong memajukan kemandirian masyarakat sekitar pesantren lewat pendidikan, ekonomi dan kesehatan.
Dalam bidang pendidikan, dilakukan pembenahan mulai dari TK (Taman Kanak-Kanak) hingga Perguruan Tinggi. Di antaranya, pada tahun 1989, setelah Pesantren Nurul Jadid menjalin kerjasama dengan Perkumpulan Keluarga Berencana Indonesia (PKBI), TK Nurul Muni’m kemudian dirubah menjadi TK. Bina Anaprasa. Satu tahun kemudian, beberapa lembaga pendidikan yang sebelumnya hanya memiliki status terdaftar dan diakui, diusahakan menjadi disamakan.
Dengan peningkatan status ini, lembaga pendidikan tersebut sejajar dengan lembaga pendidikan negeri. Di antara lembaga tersebut adalah SMUNJ (disamakan pada tahun 1990), SMPNJ (disamakan pada tahun 1991), dan MTsNJ serta MANJ (disamakan pada tahun 1997). Pada tahun 1992, di Pesantren Nurul Jadid juga telah dirintis berdirinya Madrasah Aliyah Program Keagamaan (MAPK).
Ini ditujukan untuk meningkatkan kemampuan anak didik memahami kitab klasik dan juga mampu berbahasa asing (arab dan inggris). Pada tahun 1995, berdasarkan kurikulum baru, MAPK berubah menjadi MAK. Sementara itu, upaya-upaya pengembangan juga dilakukan pada jenjang Perguruan Tinggi, seperti perubahan status dari PTID menjadi Institut Agama Islam Nurul Jadid (1986).