Ini karena konsentrasi keilmuan di tubuh PTID bertambah menjadi tiga fakultas, yaitu Fakultas Dakwah, Tarbiyah dan Syari’ah dengan dua jurusan pada masing-masing fakultas. Kemudian pada tahun 1999, masing-masing fakultas tersebut lolos akreditasi Badan Akreditasi Nasional (BAN). Selanjutnya, untuk menjawab tantangan dalam bidang information technology (IT), pada tahun 1999 didirikan STT (sekolah tinggi tekhnologi) Nurul Jadid yang semula hanya berupa kursus komputer.
Pada masa Kiai Wahid juga didirikan Lembaga Pengembangan Bahasa Asing (LPBA) yang menjadi cikal bakal pendidikan D1 bahasa Inggris. LPBA diharapkan dapat menghidupkan ghirah berbahasa asing di masing-masing gang. Sementara itu, berbagai upaya mendorong kemandirian masyarakat sekitar pesantren juga digalakkan.
Misalkan, melalui Biro Pengembangan Pesantren dan Masyarakat (BPPM), Pesantren Nurul Jadid antara lain mendirikan USP (unit simpan pinjam) yang dirintis tahun 2000, guna membantu para petani tembakau dan juga memberikan pendampingan pada mereka. Ide ini muncul karena petani tembakau di sekitar Paiton tidak memiliki posisi tawar yang kuat di hadapan para pengambil kebijakan. Padahal tembakau merupakan sumber utama ekonomi masyarakat Paiton.
Melalui Paperton, pesantren dan masyarakat bermusyawarah seputar persoalan-persoalan pertembakauan, seperti kapasitas produksi, kapasitas daya tampung gudang dan lain-lain. Pesantren juga merintis berbagai usaha agrobisnis berupa penanaman varietas tanaman. Seringkali tanaman petani hanya sejenis.
Akibatnya, kalau satu terserang hama, semua tanaman akan ludes. Usaha lainnya berupa peternakan dan perikanan. Sementara untuk membantu masyarakat memperoleh pelayanan kesehatan yang baik, Pesantren Nurul Jadid juga mendirikan BP (balai pengobatan) Azzainiyah yang semula bernama Usaha Pelayanan Kesehatan Santri (UPKS).