Ali saat itu dikenal sebagai intelektual muda dari kepercayaannya. Sementara itu, Abdullah Wasian adalah sosok yang disegani oleh para pendeta karena penguasaannya terhadap Alkitab.
Keputusan Ali untuk masuk Islam tidak terkait dengan perdebatan tersebut. Setelah lulus dari Unair, ia melanjutkan studi program magister.
Setelah itu, ia berkesempatan menjadi dosen Filologi pada Program Studi Sastra Indonesia, Fakultas Ilmu Budaya (FIB) Universitas Airlangga. Di tengah kesibukannya mengajar, Ali tak pernah berhenti untuk menggali lebih dalam tentang kebenaran.
Setelah melalui perenungan yang panjang, Ali akhirnya memilih untuk memeluk Islam. Pada bulan Agustus 2005, ia resmi menjadi mualaf dan meninggalkan keyakinan lamanya.
Di podcast Dondy Tan yang tayang 23 Desember 2021 lalu, Ali membagikan kisah spiritualnya tentang proses menjadi seorang mualaf. Dalam kesempatan itu, ia dengan terbuka mengungkapkan berbagai alasan yang membuatnya mantap memeluk Islam.