Ia kemudian melanjutkan kuliah ke Fakultas Ekonomi di Universitas adjah Mada (UGM). Anies Baswedan berhasil menyelesaikan studi S1 dan menyandang gelar sarjana di usia 26 tahun.
Selanjutnya, Anies aktif di lembaga kajian Pusat Antar Universitas Studi Ekonomi UGM.
Ia juga melanjutkan studi S2-nya dengan beasiswa di University of Maryland, School of Public Policy, College Park, Amerika Serikat. Sedangkan S3-nya di Northern Illinois University, Department of Political Science, Dekalb, Illinois, Amerika Serikat.
Pada 1996, Anies Baswedan menikah dengan Fery Farhati Ganis dan memiliki empat orang anak yakni Mutiara Annisa, Kaisar Hakam, Mikail Azizi, Ismail Hakim.
Baca Juga: Mayoritas Kru KRI Nanggala 402 Warga Jatim, Gubernur Khofifah: Semoga Ada Mukjizat