Setelahnya, Margiono mendirikan Rakyat Merdeka dan menjadi Direktur Utama Rakyat Merdeka Group.
Tahun 2008, Margiono terpilih menjadi Ketua Umum PWI Pusat. Selama dua periode hingga 2018.
Baca Juga: Penerbangan Internasional ke Bali Kembali Dibuka Mulai 4 Februari
Margiono yang dikenal jenaka namun sarat pesan penting dalam menyampaikan pidato, juga pernah menjadi Wakil Ketua Dewan Pers periode 2013-2016. Mendampingi Bagir Manan, yang juga mantan Ketua Mahkamah Agung periode 2001-2008.
Dan sejak tahun 2018 sampai sekarang, Margiono menjabat sebagai Ketua Dewan Penasehat PWI Pusat.