Kemudian, masjid Syuhada diresmikan pada 20 September 1952 oleh Presiden pertama RI, Ir Soekarno, setelah pembangunannya memakan waktu dua tahun sejak 23 September 1950. Peletakan batu pertama dilakukan oleh Sri Sultan HB IX yang kala itu menjabat sebagai Menteri Pertahanan RI.
Arti syuhada adalah pejuang. Dan masjid tersebut dulunya memang menjadi salah satu masjid yang menyimpan nilai sejarah, terutama berkaitan dengan perjuangan kemerdekaan Indonesia.
Masjid Syuhada memiliki sejarah panjang terhadap perkembangan masjid modern di Indonesia. Adapun pembangunan masjid Syuhada didasari atas persoalan tidak adanya tempat ibadah bagi umat Islam di Kotabaru Yogyakarta, mengingat di sampingnya berdiri megah bangunan Gereja Kristen Batak Protestan.
Selain itu, Pemerintah Indonesia juga bermaksud memberikan hadiah kepada rakyat Yogyakarta atas perjuangan mereka dalam melawan penjajah dan mempertahankan kemerdekaan Indonesia.
"Secara tidak langsung, Masjid Syuhada ini menjadi cikal-bakal dibangunnya Masjid Istiqlal di Jakarta," terang Panji Kumoro, M.Phil, peneliti sejarah Masjid Syuhada sekaligus Kepala Bagian Perpustakaan Masjid Syuhada Yogyakarta.
