Setelah bangkit, ia mengikuti Olimpiade Rio de Janeiro 2016 dan berhasil mendapatkan lima emas dan saru perak. Ia juga meraih delapan emas di Olimpiade 2008 Beijing.
Di samping Prestasi itu, ia mendapatkan 27 emas di Kejuaraan Dunia dan 16 emas di Pan Pacific Championship.
Setelah olimpiade 2016 ini, Phelps memutuskan pensiun dari dunia olahraga. Ia mendedikasikan dirinya melalui Michael Phelps Foundation.
Yayasan itu fokus pada pengembangan olahraga renang dan mempromosikan gaya hidup yang lebih sehat.
Ia juga menjadi asisten Bowman untuk melatih tim Arizona State Sun Devils. Phelps juga bergabung dengan dewan direksi Medibio, sebuah perusahaan yang berfokus pada diagnosis gangguan kesehatan mental.