Kolegium adalah badan otonom di lingkungan profesi, yang dibentuk oleh masing-masing cabang disiplin ilmu dan bertugas mengampu disiplin ilmu tersebut. Kolegium bersifat independen dalam menjalankan tugas, fungsi, dan wewenangnya.
Menurut laporan Ketua MKKI pada Muktamar IDI 2006 di Semarang dan Kompendium MKKI 2016, tugas Kolegium meliputi: (a) menjaga mutu baku pendidikan profesi kedokteran di Indonesia; (b) mengelola pendidikan profesi kedokteran dalam hal ini pendidikan dokter spesialis dan pendidikan dokter subspesialis.
Di lingkungan IDI terdapat 38 perhimpunan dokter spesialis dan satu perhimpunan dokter (dokter umum). Masing-masing perhimpunan dokter spesialis tersebut memiliki Kolegium dengan tugas, fungsi, dan wewenangnya masing-masing. Demikian pula dokter (dokter umum).
Kolegium dokter spesialis, mempunyai fungsi: (a) penyusunan dan pengembangan standar nasional pendidikan kedokteran termasuk (katalog dan kurikulumnya) kemudian disahkan oleh Konsil Kedokteran Indonesia (KKI); (b) penyelenggaraan ujian kompetensi (evaluasi) nasional; (c) penerbitan sertifkat kompetensi profesi nasional (sertifikat).
Fungsi berikutnya, (d) penerbitan sertifikat kualifikasi tambahan; (e) pembinaan dan pemantauan penyelenggaraan pendidikan di institusi pendidikan; (f) merekomendasikan dan mengevalusi pembukaan institusi pendidikan baru; (g) menilai kelayakan program studi baru; (h) memfasilitasi akreditasi program pendidikan profesi kedokteran oleh LAM PT Kes, yang dipersiapkan oleh IPDS.