Kepengurusan setiap Kolegium Ilmu Kedokteran (Spesialis) terdiri atas: (1) Guru Besar; (2) kepala departemen/bagian ilmu yang bersangkutan pada institusi pendidikan; (3) ketua program studi ilmu yang bersangkutan; (4) ketua perhimpunan ilmu yang bersangkutan; (5) anggota yang diangkat oleh ketua Kolegium.
Sedang, untuk kepengurusan Kolegium Dokter Indonesia (KDI) terdiri dari: (1) perwakilan PB IDI; (2) perwakilan MKKI; (3) perwakilan perhimpunan dokter pelayanan primer; (4) perwakilan institusi pendidikan kedokteran; (5) anggota yang diangkat oleh ketua Kolegium.
Dalam pelaksanaan fungsi dan tugasnya, tidak jarang antara satu kolegium dengan kolegium terjadi masalah sehingga memerlukan adanya koordinasi. Misalnya karena terjadinya tumpang tindih anatar keilmuan. Di sinilah mengapa diperlukan MKKI dan rapat-rapat MKKI dengan tugas pokok untuk mengoordinasikan kegiatan seluruh kolegium.
Selanjutnya tentang MKKI. Menurut Kompendium MKKI (2003), tugas dan wewenang MKKI meliputi: (1) menetapkan kebijakan umum pendidikan profesi kedokteran; (2) menetapkan kebijakan terhadap tumpang tindih substansi/kewenangan bidang ilmu; (3) memberi rekomendasi terhadap rencana pembukaan program studi dokter (FK baru) bersama Kolegium Dokter Indonesia (KDI).
Berikutnya, (4) menetapkan institusi (pusat) baru program pendidikan studi dokter spesialis di suatu institusi pendidikan kedokteran bersama kolegium ilmu kedokteran terkait; (5) menetapkan program studi dokter spesialis baru; (6) menilai kelaikan dokter/dokter spesialis lulusan luar negeri yang hendak mengikuti program adaptasi, bersama dengan Kolegium terkait.