Di babak kedua atau tepatnya di menit ke-51, Indonesia berhasil mencetak gol tambahan menjadi 5-0 lewat Arlyansyah setelah meneruskan umpan silang Doni Tri. Gol ini mirip seperti gol pertama yang dicetak Arly.
Pada menit ke-56 gawang Filipina kembali mendapat ancaman lewat bek Timnas Indonesia U-19 Muhammad Alfharezzi Buffon. Namun tembakannya masih sedikit melambung di atas mistar gawang Filipina.
Di menit ke-64 Garuda muda kembali mengancam gawang Filipina, kali ini lewat tembakan Welber Jardim. Namun tembakannya berhasil ditahan kiper Filipina. Bola rebound yang diteruskan Kaka juga masih bisa diblok bek Filipina
Memasuki menit ke-68 Indra Sjafri memasukkan penyerang naturalisasi Jens Raven menggantikan Arkhan Kaka.
Pada menit ke-84, Filipina berhasil mengancam gawang Timnas Indonesia melalui tembakan Samaniego Benz Joelle Dela Cruz.