Perjalanan pendidikan Bahlil berlanjut di Jayapura, Papua, dimana ia menimba ilmu di Sekolah Tinggi Ekonomi Port Numbay, sebuah perguruan tinggi swasta di Jayapura.
Meskipun lulus pada usia 26 tahun, terlambat karena keterlibatannya dalam kerusuhan Mei 1998, Bahlil tidak menyerah dalam meniti karir. Semasa kuliah, ia aktif dalam organisasi mahasiswa, termasuk Himpunan Mahasiswa Islam (HMI), yang mengantarkannya pada posisi Bendahara Umum Pengurus Besar HMI.
Karir Bahlil dimulai dari bawah. Sebelum mencapai posisi puncak, ia pernah bekerja sebagai penjual kue, kondektur bus, hingga sopir angkot saat masih remaja.
Setelah menyelesaikan pendidikannya di Port Numbay, ia memulai karir profesionalnya di Sucofindo, sebuah perusahaan milik negara. Namun, jiwa kewirausahaan yang kuat membuatnya berani mendirikan perusahaan sendiri bersama teman-temannya.
Mereka membangun tiga perusahaan, yaitu PT Rifa Capital, PT Bersama Papua Unggul, dan PT Dwijati Sukses. Dari sinilah Bahlil memulai perjalanannya sebagai seorang pengusaha sukses, hingga memiliki 10 perusahaan yang bergerak di berbagai sektor, termasuk transportasi dan properti.