Namun, hanya berselang tiga bulan setelah pelantikannya sebagai bupati, Andi Merya terjaring OTT oleh KPK. Ia kemudian ditetapkan sebagai tersangka bersama dengan Rusdianto Emba, adik kandung Bupati Muna, Rusman Emba, dalam perkara dugaan suap pengurusan pinjaman dana PEN.
Dalam sidang di Pengadilan Tipikor Jakarta Pusat pada 16 September 2022, jaksa mengungkap bahwa Andi Merya dan Rusdianto Emba memberikan suap sebesar Rp 1,5 miliar kepada Mochamad Ardian Noervianto yang saat itu menjabat sebagai Dirjen Bina Keuangan Daerah di Kemendagri.
Selain itu, keduanya juga didakwa memberikan uang kepada beberapa pejabat di Kabupaten Muna, yaitu Sukarman Loke selaku Kepala Badan Kepegawaian dan Pengembangan SDM sebesar Rp 1,73 miliar serta Laode M. Syukur Akbar selaku Kepala Dinas Lingkungan Hidup sebesar Rp175 juta.
Total uang suap yang terungkap dalam dakwaan tersebut mencapai Rp 3,405 miliar. Uang tersebut digunakan untuk memuluskan proses pengajuan pinjaman dana PEN bagi Kabupaten Kolaka Timur tahun 2021.