Selama menjabat sebagai presiden, Mujica lekat dengan kontroversi. Dia pernah menjadi sorotan ketika mengusulkan pemerintah melegalkan dan mendistribusikan ganja pada 2012. Mujica beralasan hal itu dilakukan untuk memotong pendapatan para pengedar narkoba.
Kemudian, Uruguay menjadi negara pertama di Amerika Selatan yang mengizinkan aborsi hingga Minggu ke-12 masa kehamilan.
Uruguay juga menjadi negara kedua di Amerika Latin yang melegalkan pernikahan sesama jenis.
Baca Juga: Dokter Ahli Forensik yang Autopsi Amis Asal Muna, Jebolan 06 SMA 1 Raha
Namun, pemerintahannya juga diapresiasi karena sukses mengangkat ekonomi Uruguay. Pendapatan per kapita masyarakat Uruguay mengalami peningkatan pada masa Mujica.