Kariernya terus menanjak hingga pada November 2013, ia dilantik sebagai Staf Ahli Menteri Keuangan bidang Kebijakan dan Regulasi Jasa Keuangan dan Pasar Modal.
Pada 3 Juli 2017, Isa diangkat menjadi Direktur Jenderal Kekayaan Negara, dan pada 12 Maret 2021, ia dilantik sebagai Direktur Jenderal Anggaran.
Keterlibatan dalam Kasus Jiwasraya
Meskipun saat ini menjabat sebagai Dirjen Anggaran, penetapan Isa sebagai tersangka terkait dengan perannya sebagai Kepala Biro Perasuransian di Bapepam-LK pada periode 2006-2012.
Dalam kapasitas tersebut, ia diduga memiliki peran dalam pengelolaan keuangan dan dana investasi Jiwasraya yang menyebabkan kerugian negara.