Harapan menjadi PNS sempat tertunda, hingga akhirnya peluang sebagai dosen di Universitas Halu Oleo (UHO) terbuka pada 1994.
“Waktu itu saya mendaftar dosen karena gagal tes PNS. Ternyata diterima di UHO. Sejak itu saya fokus di dunia akademik,” ujarnya.
Dari laboratorium ke kampus, Prof. Andi terus melangkah. Ia menempuh S2 di IPB dengan konsentrasi fitopatologi, lalu melanjutkan S3 hingga meraih gelar doktor pada 2005.
Pengalaman industri pun dijalani ketika bekerja di PT Bisi International di Kediri selama 9 tahun, bahkan sempat menjadi manajer laboratorium bioteknologi. Meski begitu, dunia akademik tetap menjadi panggilan hati.
Setelah kembali fokus di kampus, Prof. Andi Khaeruni sempat menjabat sebagai Ketua Jurusan Proteksi Tanaman (2016–2020), lalu menjabat Wakil Dekan Bidang Akademik dan Perencanaan hingga 2024. Ia akhirnya mencapai puncak karier akademik sebagai Guru Besar (Profesor) dalam usia 50 tahun, yang menurutnya agak terlambat.