2. Penyisipan Pasal 9A yang memberikan wewenang kepada presiden untuk melakukan perubahan unsur organisasi.

3. Penghapusan penjelasan Pasal 10 terkait putusan Mahkamah Konstitusi.

4. Perubahan Pasal 15 mengenai penentuan jumlah kementerian sesuai kebutuhan presiden.

5. Perubahan judul Bab VI untuk mencerminkan hubungan fungsional kementerian dengan lembaga lain.

6. Penambahan ketentuan mengenai pemantauan dan peninjauan terhadap undang-undang.