Selain itu, PELNI juga mempermudah proses pembayaran tiket melalui kerjasama dengan berbagai layanan pembayaran, seperti Bank BTN, BNI Virtual Account, Permata Bank, iSaku dan Finpay.

Adapun beberapa kapal PELNI sedang menjalani perawatan tahunan untuk memastikan kelayakan operasional mereka. Berikut adalah daftar kapal yang sedang menjalani doking:

1. KM Awu - Rute Kumai - Surabaya - Benoa - Bima - Waingapu - Ende - Kupang - Kalabahi (PP).

2. KM Nggapulu - Rute Tanjung Priok - Surabaya - Makassar - Bau-Bau - Ambon - Ternate - Jailolo - Bitung (PP).

3. KM Tatamailau - Rute A: Bitung - Tidore - Sorong - Fak Fak - Kaimana - Tual - Timika - Agats - Merauke (PP).