Dalam proses hukum yang berjalan, Abdul Gani dikenai Pasal 12 huruf a dan b, Pasal 11, serta Pasal 12B UU Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi. Selain itu, ia juga dijerat dengan Pasal 65 ayat (1) dan Pasal 55 ayat (1) KUHP.
Tim penyidik KPK menyatakan bahwa Abdul Gani juga terlibat dalam kasus pencucian uang. Sejumlah aset yang dimilikinya diduga merupakan hasil tindak pidana korupsi yang dilakukan selama menjabat sebagai gubernur.
Abdul Gani sempat ditangkap dalam operasi tangkap tangan (OTT) pada 18 Desember 2023. Saat itu, ia diduga menerima suap dalam pengaturan proyek infrastruktur dan jual beli jabatan di lingkungan Pemerintah Provinsi Maluku Utara.
Dalam kehidupan pribadi, Abdul Gani menikah dengan Faoniah Hi Djaohar dan dikaruniai beberapa anak. Salah satu putrinya, Nurul Izzah Kasuba, juga dikenal aktif dalam berbagai kegiatan sosial.