Di masa peralihan dari Orde Baru ke Reformasi, Hamzah Haz jadi salah satu politisi yang disorot dan diperhitungkan. Sebab, dia mengomandoi partai Islam terbesar saat itu. Dia cukup dekat dengan tokoh NU, Abdurrahman Wahid.
Dari kedekatan tersebut, dia dipercaya menjabat sebagai Menteri Koordinator Kesejahteraan Rakyat dan Pengentasan Kemiskinan di kabinet Presiden Abdurrahman Wahid. Namun, dia tak lama menjabat menteri. Hanya 22 hari.
Pewartaan menyebut, pengunduran diri disebabkan karena diri dari Kabinet Persatuan karena ingin fokus mengelola PPP, meskipun saat itu banyak kontroversi terkait jabatan dirinya.
Hamzah Haz baru merapat lagi ke lingkar kekuasaan tatkala dicalonkan sebagai kandidatR wakil presiden mendampingi Megawati yang baru naik jabatan dari wakil presiden menjadi presiden.
Di sidang MPR pemilihan wakil presiden, Hamzah harus bersaing dengan nama-nama beken, seperti Akbar Tandjung (Golkar), SBY (ABRI), dan Siswono Yudhohusono.