Di Bawaslu, Afif membidangi Divisi Pengawasan dan Hubungan Antarlembaga. Tugasnya mencakup pencegahan potensi pelanggaran pemilu dengan Indeks Kerawanan Pemilu dan pengawasan tahapan pemilu. Selain itu, ia juga sosialisasi kebijakan Bawaslu serta mempererat hubungan antarlembaga.
Pada 2020-2022, Afif menjalankan tugas sebagai Anggota Dewan Kehormatan Penyelenggara Pemilu (DKPP) ex officio perwakilan Bawaslu RI. Setelah itu, ia menjadi Anggota KPU RI periode 2022-2027 sebagai Ketua Divisi Hukum dan Pengawasan serta Wakil Ketua Divisi Data dan Informasi.
Dikutip dari Inews.id, Afif bertanggung jawab sebagai Koordinator Wilayah KPU untuk beberapa provinsi di Indonesia. Hingga akhirnya pada 4 Juli 2024, ia ditunjuk sebagai Pelaksana Tugas (Plt) Ketua KPU menggantikan Hasyim Asy'ari. Berdasarkan Laporan Harta Kekayaan Penyelenggara Negara (LHKPN), Kamis (4/7/2024), Afif memiliki total kekayaan sebesar Rp 5.898.379.374 atau Rp 5,8 miliar.
Afif memiliki sejumlah aset tanah dan bangunan di Tangerang Selatan dan Kota Kuningan dengan nilai total mencapai Rp 5,5 miliar. Dia juga memiliki harta berupa alat transportasi dan mesin senilai total Rp 272 juta. Dan memiliki harta bergerak lainnya sebesar Rp 68 juta.
Dia juga memiliki kas dan setara kas senilai Rp 494 juta. Dia memiliki utang sebesar Rp 466 juta. Secara total, kekayaan Afifuddin mencapai Rp 5.898.379.374.