Kelas S3 merupakan salah satu program unggulan madrasah yang dibentuk sejak dua tahun terakhir. Program ini bertujuan untuk membina dan mengembangkan potensi siswa di bidang akademik maupun nonakademik.
Di bidang akademik, siswa difasilitasi mengikuti berbagai lomba sains seperti matematika, IPA, IPS, penelitian, serta lomba bahasa (Inggris, Indonesia, dan Arab).
Sementara di bidang nonakademik, fokus utama diarahkan pada cabang olahraga, seperti taekwondo, karate, futsal, dan bulu tangkis.
Memasuki tahun pelajaran baru 2025/2026 yang belum genap dua pekan berjalan, MTsN 1 Kendari telah berhasil mengoleksi 9 prestasi dari dua kejuaraan tersebut, menunjukkan konsistensi keberhasilan kelas pembinaan khusus ini.
Secara keseluruhan, sekolah ini memiliki 33 kelas, yang terbagi ke dalam empat jenis kelas program khusus, yaitu kelas S3, tahfiz (pembinaan hafalan Al-Qur’an), digital, dan kelas excellent.