Baca Juga: Pulau Tersembunyi di Sulawesi, Suguhkan Pemandangan Eksotis
Terdapat enam spesies kerang (Tylomelania), toga spesies kepiting (Gecarcinucidae), 10 spesies ikan bersirip tajam (Thelmaternidae), dan enam spesies udang. Ikan paling terkenal dari danau ini adalah ikan butini (Glossogobius matanensis) dan ikan opudi (Telmatherina celebensis) yang endemik.
Di balik statusnya sebagai taman wisata alam, Danau Matano Sorowako juga merupakan situs arkeologi yang menyimpan cerita dari peradaban besi yang berkembang pada abad ke-8 sampai abad ke-17. Januari 2021 lalu, Journal of Archeological Science merilis penemuan penting tentang peradaban yang lama hilang di Danau Matano.
Baca Juga: Bangga, Benteng Terluas di Dunia Ternyata Berada di Sulawesi Tenggara
Penelitian ini merupakan kerja sama antar lembanga dan antar disiplin ilmu. Sejumlah pihak yang terlibat dalam penelitian ini di antaranya Balai Arkeologi Sulawesi Selatan, Departemen Arkeologi Universitas Hasanuddin, Pusat Peneltian Arkeologi Nasional, Australia National University, Pusat Survei Geologi Bandung, Balai Pelestarian Cagar Budaya Sulawesi Selatan, dan Sentra Selam Jogja.