Hingga saat ini, Muzakir Manaf diketahui memiliki dua orang istri. Istri pertama adalah Marlina Usman yang lebih dikenal dengan sapaan Kak Na.
Marlina merupakan sosok yang cukup dikenal di Aceh karena kiprahnya di berbagai bidang sosial dan kelembagaan. Saat ini, ia menjabat sebagai Ketua Tim Penggerak PKK Aceh, Ketua Dekranasda Aceh, Ketua Forikan Aceh, serta mengemban peran sebagai Bunda PAUD Aceh dan Bunda Literasi Aceh.
Aktivitasnya yang luas membuat namanya kerap muncul dalam berbagai kegiatan resmi pemerintahan dan sosial.
Sementara itu, istri kedua Mualem adalah Salmawati yang akrab disapa Bunda Salma. Salmawati tercatat sebagai anggota Dewan Perwakilan Rakyat Aceh dari Fraksi Partai Aceh.
Kiprahnya di dunia politik turut menempatkan keluarga Mualem dalam perhatian publik, terutama dalam dinamika politik lokal Aceh.